La legge in esame presenta profili di illegittimità costituzionale per i seguenti motivi:

Preliminarmente si rileva che, pur essendo la legge di cui trattasi una variazione al bilancio, questa va a dettare, oltre a norme di variazione al bilancio di previsione, contenute nel Titolo I, anche disposizioni di carattere settoriale nelle più svariate materie, contenute nel Titolo II. Tale Titolo II, contiene dall'articolo 3 all'articolo 26, disposizioni varie di carattere settoriale in materia di spettacolo e attività culturali, in materia ambientale, in materia socio-assistenziale, in materia sanitaria, in materia di personale, in materia di ricerca scientifica, in materia di attività produttive, in materia di università, in materia di commercio.
Invero l'articolo 16 del D.lgs. n. 76 del 2000, recante "Princìpi fondamentali e norme di coordinamento in materia di bilancio e di contabilità delle regioni, in attuazione dell'articolo 1, comma 4, della L. 25 giugno 1999, n. 208", dispone che la giunta regionale con provvedimento amministrativo può effettuare variazioni compensative fra capitoli della medesima unità previsionale, fatta eccezione per le autorizzazioni di spesa di natura obbligatoria, per le spese in annualità e a pagamento differito e per quelle direttamente regolate con legge. Ogni altra variazione al bilancio deve essere disposta o autorizzata con legge regionale. La legge di approvazione del bilancio regionale o eventuali ulteriori provvedimenti legislativi di variazione possono autorizzare, esclusivamente, variazioni al bilancio medesimo. Tali variazioni vengono approntate, al fine di istituire nuove unità previsionali di base, per l'iscrizione di entrate provenienti da assegnazioni vincolate a scopi specifici da parte dello Stato o dell'Unione Europea, e, infine, per l'iscrizione delle relative spese. Inoltre possono essere previste variazioni compensative fra capitoli di una stessa unità previsionale di base ad eccezione delle autorizzazioni di spesa a carattere obbligatorio. Tale articolo è da considerarsi principio fondamentale della materia "armonizzazione dei bilanci pubblici e coordinamento della finanza pubblica", alla cui osservanza, quindi, le Regioni sono tenute.
Ciò posto, il Titolo II della legge in esame, si pone in contrasto con l'art. 117, co. 3, Cost., violando i principi fondamentali della suddetta materia, contenuti nel D.lgs. n. 76/2000 e con l'art.81 Cost.

1) L'articolo 12, rubricato "personale del servizio sanitario regionale", al comma 1, autorizza il direttore generale dell'Azienda ospedaliera universitaria "Policlinico" ad incrementare la dotazione organica fino ad un massimo del 12%, al fine di attivare il complesso chirurgico e dell'emergenza "ASCLEPIOS", di potenziare le sale operatorie per la copertura delle urgenze, nonché di istituire e attivare l'"Unità spinale" e di potenziare le attività trapiantologiche e di oncoematologia pediatrica. Tale previsione eccede dalla competenza regionale in materia di istruzione e ricerca scientifica, violando l'autonomia universitaria riconosciuta dall'articolo 33 della Costituzione, nella parte in cui non prevede che l'atto del direttore generale dell'azienda di riferimento sia fatto d'intesa con il rettore dell'Università, in conformità ai criteri stabiliti nel protocollo d'intesa tra la regione e l'università relativi anche al collegamento della programmazione della facoltà di medicina e chirurgia con la programmazione aziendale, ai sensi dell'articolo 5 del d. Lgs. n. 517/99, da considerarsi principio fondamentale in materia di istruzione e ricerca scientifica. Per i suesposti motivi la disposizione in esame risulta illegittima per violazione dell'art. 117, co. 3, Cost., in riferimento all'art. 5 del D.lgs. 517/99, nonché dell'art. 33 Cost. e dell'art. 120 Cost.
Medesimi rilievi vanno fatti in riferimento al comma 5 dell'articolo 12 in questione, che autorizza il direttore generale dell'azienda ospedaliera universitaria (ospedali riuniti) di Foggia ad incrementare la dotazione organica fino al 4%, senza prevederne l'intesa con il Rettore.

2) L'articolo 14, rubricato "organi e organizzazione degli Istituti di ricovero e cura a carattere scientifico "De Bellis" e "Oncologico"", presenta profili di illegittimità costituzionale in quanto alcune disposizioni in esso contenute eccedono dalla competenza legislativa regionale nelle materie di legislazione concorrente della tutela della salute e della ricerca scientifica (art. 117, co. 3, Cost.), con riferimento ai principi fondamentali stabiliti dal D.lgs. n. 288 del 2003 (“Riordino della disciplina degli Istituti di ricovero e cura a carattere scientifico, a norma dell’articolo 42, comma 1, della L. 16 gennaio 2003, n. 3”) e dall’Atto di intesa Stato-Regioni del 1° luglio 2004, emanato ad integrazione del su menzionato D.lgs. n. 288 del 2003 (art. 5), in violazione, quindi, del principio di leale collaborazione di cui all'art. 120 Cost. e di quello dell'intesa (cfr. sent. 303/2003 della Corte Costituzionale).
Le censure afferiscono, in particolare, alle seguenti disposizioni:
- il comma 2, nel fissare in quattro anni la durata in carica del Consiglio di indirizzo e verifica, si pone in contrasto con l’art. 2, co. 1, dell’Atto di intesa sopra menzionato laddove si prevede che i componenti dell’organismo in oggetto durino in carica cinque anni;
- il comma 3, nello stabilire la durata quadriennale dell’incarico del Direttore scientifico degli IRCCS regionali, si pone in contrasto con la previsione di una durata quinquennale dello stesso contenuta nell’art. 3, co. 5, dell’Atto di intesa Stato-Regioni.
- i commi 4 e 9, nel rimettere, rispettivamente, l’approvazione dello schema contrattuale del Direttore scientifico e la determinazione del trattamento economico dello stesso in capo alla Giunta regionale, si pongono in contrasto con quanto disposto dall’art. 5 del D.lgs. 288/2003, il quale prevede che il Direttore scientifico sia nominato dal Ministro della Salute, sentita la Regione interessata, e non già dalla stessa Regione.
- il comma 7, infine, nello stabilire che la gestione commissariale degli IRCCS regionali (Ospedale Oncologico di Bari e Istituto Saverio de Bellis di Castellana Grotte) termina entro 30 gg. dalla entrata in vigore della legge regionale, si pone in contrasto con l’art. 19 del D.lgs. 288/2003, il quale subordina l’applicazione delle disposizioni dello stesso decreto alla conclusione della procedura di riconoscimento del carattere scientifico degli IRCCS che, per i due Istituti regionali, risulta essere ancora in corso di definizione.